Erst mit dem Aufkommen der Mikrobiologie wurde klar, dass vom Menschen und von Tieren stammende Gerüche eigentlich Stoffwechselprodukte unserer uns besiedelnden Mikroorganismen sind. Die analytische Chemie schaffte es dann, die ersten Duftmoleküle zu isolieren.
So sondern z.B. die Talgdrüsen Sekrete ab, die mit Schweiß vermischt von Mikroorganismen zu Fettsäuren abgebaut werden.
Das Gleiche passiert, wenn Mikroorganismen sich über Butter hermachen.
Die übelsten Gerüche entstehen aus Absonderungen der apokrinen Schweißdrüsen. Es entsteht eine widerwärtig riechende Substanz: 3-Methyl-2-Hexensäure (MHA).
Diese findet sich gern in den Socken von schwitzenden Personen unter Luftabschluss, aber manchmal auch unter den Achseln und an anderen Körperteilen.
Die Drüsen geben MHA jedoch nicht direkt ab, sondern scheiden ein Eiweißmolekül aus, an das MHA chemisch gebunden wird. Wenn Mikroorganismen das Molekül zerlegen, wird MHA in die Umwelt freigesetzt.
Um diesen Effekt zu verhindern, enthalten Deodorants Substanzen, die das Wachstum der Mikroorganismen hemmen.
Dies sind z.B. Zitronensäureester und  Farnesol.
Außerdem enthalten Deos Geruchsbinder  wie Zink-Ricinoleat.

Was man im Mund riecht, wenn der Betroffene „schlechten Atem“ hat, ist auch gewöhnlich nichts anderes als die Abfallprodukte bestimmter Mikroorganismenarten, die den Mund besiedeln, wo sie reichlich Nahrung finden.
Nahrungsreste und abgestorbene Zellen der Mundschleimhaut sind ein gut gedeckter Tisch, für die zumeist anaeroben Mikroorganismen, die also keinen Sauerstoff benötigen. 
Von den 20 Aminosäuren aus denen Eiweißmoleküle bestehen, enthalten zwei Schwefel (Cystein, Methionin). Schwefel verbindet sich zusammen mit anderen Elementen zu gasförmigen und deshalb gut riechbaren Substanzen.
Die anaeroben Mikroorganismen zerlegen die Eiweißmoleküle und dabei werden große Mengen übelriechender Gase frei.
Methanthiol (CH3SH) ist die am ekelhaftesten riechende Verbindung. Das farblose Gas ist auch unter der Bezeichnung Methylmercaptan bekannt. Es erzeugt einen umwerfenden Mundgeruch und findet sich auch unter den Darmwinden.
Im Mundbereich lässt sich der schreckliche Geruch leichter bekämpfen, wenn man weiß, wie man Anaerobiern den Nährboden entzieht.
Die meisten dieser Mikroorganismen befinden sich zwischen den Zähnen und auf dem hinteren Teil der Zunge, der bei den meisten Menschen von einem weißen Belag bedeckt ist.
Gründliche Mundhygiene ist oberstes Gesetz. Wer einen fauligen Mundgeruch hat, sollte nach jeder Mahlzeit Zähne putzen und die Speisereste zwischen den Zähnen sowie der   Zunge, falls Beläge vorliegen, entfernen. Den Mikroorganismen muss die Nahrung entzogen werden.
Begünstigend für schlechten Mundgeruch sind neben mangelhafter Hygiene, ein trockener Mund (mangelnde Speichelbildung).
Weil nachts kaum Speichelfluss besteht, hat man morgens besonders schlechten Atem und einen schlechten Geschmack im Mund. Mangelnde Speichelbildung wird auch durch Rauchen, große Mengen Kaffee und Alkohol, sowie Stress begünstigt.
Wer viel redet, sollte viel Wasser trinken.

Bei Hunden, bei denen i. d. R. keine Zahnpflege durchgeführt wird, bilden sich aus den zunächst weichen Belegen nach einiger Zeit harte mineralische Beläge, die man als Zahnstein bezeichnet. Sie sind porös und ein hervorragender Aufenthaltsort für Mikroorganismen. Das Zahnfleisch entzündet sich, schrumpft(Paradontose), die Zahnhälse liegen frei und die Mikroorganismen schaffen es sich bis in das Wurzelbett vorzuarbeiten. Ein so befallener Zahn ist in der Regel irreversibel geschädigt, so dass er nur noch entfernt werden kann, falls er nicht von selbst ausfällt.
Besonders bei kleinen Rassen, wie Yorkshire Terrier, Zwergpudel, Chihuahua kommt es schon mit wenigen Jahren zu Zahnausfall, wenn keine regelmäßige Zahnpflege durchgeführt wird.
Neben speziell  Zähne reinigendem Futter sollten die Zahnbelege regelmäßig entfernt werden.
Die Tierbesitzer können bereits durch den unangenehmen Mundgeruch ihres Hundes feststellen, dass eine Zahnbehandlung notwendig ist. Wer erst nach Monaten oder gar Jahren seinen Tierarzt aufsucht, nachdem er seinen kleinen Gesellen nicht mehr riechen kann, muss davon ausgehen, dass trotz einer durchgeführten Behandlung Schäden am Zahnfleisch zurück bleiben.
Trotz der aufgezeigten unangenehmen Folgen ist es gut und notwendig dass Mikroorganismen die Mundhöhle besiedeln. Sie sind ein Schutz vor pathogenen Erregern, die es nur selten schaffen, große Schäden in der Mundhöhle hervorzurufen.
Ein Mikroorganismen-Komplex kann die Besiedlung der Zähne mit krankmachenden Erregern verhindern und stellt neben den bereits genannten Pflegemaßnahmen eine gute Prophylaxe und begleitende Therapie dar.